L'historien Milo Thatch ret une équipe d'archéologues et d'explorateurs. Ensemble ils embarquent à bord de l'incroyable sous-marin Ulysses et s'enfoncent dans l'océan. Leur but : trouver le légendaire royaume perdu d'Atlantide. Mais l'expédition prend un nouveau tournant quand la mission d'exploration devient une mission de protection.