80 ans ont é depuis la première guerre impliquant Macross. Les descendants du conflit Zentraedi/Meltrandi ont établi une coalition sur Terre. En 2089, lorsque les Marduks, des renégats Zentraedi menacent cette alliance, la Forteresse Macross doit se régénérer après des générations d'inactivité afin de combattre l'ennemi. Hibiki Kanzaki, journaliste au Scramble News Network (SNN), se retrouve plongé malgré lui en pleine guerre et s'allie avec Ishtar, une énigmatique princesse Zentraedi. Avec l'aide de Silvie Gena, un pilote de Valkyrie, Hibiki part à la rescousse de Ishtar sur le point d'être reprogrammée par les renégats Zentraediens. Sylvie et Hibiki doivent aussi communiquer toute la vérité sur l'invasion et convaincre la puissante force militaire spatiale afin de réactiver la forteresse et défendre la Terre une dernière fois…