Au XVIème siècle, l'Inde est dominée par la dynastie des empereurs musulmans moghols. Le dernier héritier, Jalaluddin Muhammad, un farouche guerrier, multiplie les batailles pour agrandir le territoire de l'empire. Afin d'unifier tout l'Hindoustan, il consent à épo Jodhaa, une princesse Rajpoute hindoue. Mais une fois mariés, celle-ci demeure distante avec Jalaluddin, refusant d'être la victime d'une alliance politique...