En 1999, condamné à mort pour le meurtre de son supérieur, devenu fou lors d'un exercice de combat mené contement entre les armées américaines et coréennes, Chan Suk-lee est fusillé. Quelques jours après cependant, Suk-lee se réveille et se retrouve enrôlé de force dans l'équipage du Phantom, un sous-marin nucléaire top-secret. Dépossédé de son identité (comme tous les membres d'équipages) au profit d'un simple numéro, Suk-lee comprend rapidement que la mission du Phantom consiste à s'autodétruire...